Pada kurun ke-11, suatu tempoh yang turbulent bermuncul dalam sejarah sejarah Kepulauan Melayu, tentera laut Chola menyeberangi laut untuk menyerang kerajaan Sri Sangrama Vijayatunggavarman Srivijaya di Kadaram (Kedah), ibu negara kerajaan kelautan berkuasa itu telah dijarah dan raja ditawan. Seiring dengan Kadaram, Pannai di Sumatera pada ketika itu dan Malaiyur dan semenanjung Malaya diserang juga. Tak lama setelah itu, raja Kedah Phra Ong Mahawangsa menjadi penguasa pertama yang meninggalkan agama Hindu tradisional, dan memeluk ugama Islam dengan penubuhan Kesultanan Kedah yang didirikan pada tahun 1136. Samudera Pasai masuk Islam pada tahun 1267, Raja Malaka Parameswara menikah dengan putri dari Pasai, anak tersebut menjadi sultan pertama Malaka, segera Malaka menjadi pusat penggajian Islam dan perdagangan maritim, yang diikuti penguasa lainnya. Pemimpin agama dan bahasa Indonesia sarjana Islam Hamka (1908-1981) menulis pada 1961: ". Perkembangan Islam di Indonesia dan Malaysia terkait erat dengan seorang Muslim Cina, Laksamana Zheng He".

Ada beberapa teori untuk proses Islamisasi di Asia Tenggara. Teori pertama adalah perdagangan. Perluasan perdagangan antara Asia Barat, India dan Asia Tenggara membantu penyebaran agama sebagai pedagang Muslim membawa agama Islam ke wilayah tersebut. Teori kedua adalah peran misionaris atau sufi. Para misionaris sufi memainkan peran penting dalam menyebarkan agama dengan syncretising ide-ide Islam dengan keyakinan lokal yang ada dan gagasan-gagasan keagamaan. Akhirnya, kelas penguasa memeluk Islam dan yang lebih membantu para pengembangan agama di seluruh wilayah. Penguasa pelabuhan wilayah yang paling penting, Melaka Kesultanan, memeluk Islam di abad 15, menggembar-gemborkan masa konversi dipercepat Islam di seluruh wilayah sebagai agama yang diberikan kekuatan pemersatu antara yang berkuasa dan kelas perdagangan.